MISION DE SANTA CLARA DE ASIS
Era la intención de los padres fundar otra misión estilo pradera a pocos kilómetros al sur de la bahía de San Francisco tan pronto como la Misión de San Francisco fue establecida. La misión de Santa Clara, de hecho se estableció sólo tres meses más tarde, el 12 de enero de 1777. Para consternación de los misioneros, en seis meses más, llegó un numeroso grupo de colonos procedentes de México. Los padres hicieron lo posible para mantener la misión y el al pueblo separado, a sabiendas de la influencia perjudicial de los civiles en los neófitos. En última instancia, la misión y pueblo se convirtieron en las ciudades gemelas de Santa Clara y San José.
En 1784, la misión tuvo que ser abandonada debido a los daños causados por una gran inundación. Un nuevo sitio en tierras más altas pronto fue ocupado, con la ayuda de hábiles artesanos del pueblo, cuyo trabajo dio a los edificios un aspecto mucho más profesional. Sin embargo, esta habilidad no llegó a nada en 1818 cuando un terremoto destruyó efectivamente la misión de nuevo. Con la energía aparentemente ilimitada de los Padres, construyeron una tercera vez, con todo terminado en 1825.
Los desastres naturales no impidieron que la Misión de Santa Clara alcanzara gran prosperidad, la superación en el momento sólo por San Gabriel en la importancia de sus posesiones. Bajo la autoridad mexicana, la actividad de la misión desapareció. En 1851 la propiedad fue dada a los jesuitas, que fundaron y aún mantienen- la Universidad de Santa Clara en el viejo sitio de la misión. Hoy en día una sección de la pared del jardín en el campus es lo que queda de los edificios de la misión original.